Komiža se nalazi na zapadnoj strani otoka Visa u dubokom Komiškom zaljevu. Od ostatka otoka je razdvaja brdski masiv Hum (najviši vrh 587 m) koji se strmo spušta do obala zaljeva. Takav smještaj, a s njim povezan i nedostatak poljoprivrednih površina, odredio je orijentaciju Komiže prema moru i ribarstvu. Preko prijevoja Sveti Mihovil novom cestom je povezana s gradom Visom, udaljenim 10 km. Udaljenost starom cestom Vis - Komiža koja prolazi južnim dijelom otoka iznosi 20 km.